Instrumenter, software og teknologi

Det finnes to, snart tre system (instrumenter). Alle system består av to deler: en Sample Processor og en Analyser, hvor Sample Processor er hovedenheten som utfører prøveopparbeidingen og trinn 1, og Analyser er et real time instrument som utfører trinn 2. 

Teknologien til AusDiagnostics er basert på multipleks tandem PCR (MT-PCR) og muliggjør deteksjon av flere target i en prøve uten at det går utover analytisk sensitivitet og spesifisitet.


Instrumenter

High-Plex 24 System

Medium til høy throughput system - 24 pasientprøver pr. kjøring
High-Plex system hvor prosessoren utfører trinn 1 på 24 pasientprøver pr. kjøring, fortynner de amplifiserte produktene og fordeler de ut i 384 brønnsplater sammen med steg 2- reagenser. Brukeren tar så ut denne platen manuelt og overfører denne til 384-analyseren. Rett etter at platen er tatt ut av prosessoren, kan dekontamineringsprosess og kjøring av nye 24 pasientprøver startes. 

Instrumenter
Mini-Plex 12 System

Low throughput system - 6 (16-brønns panel) eller 4 (24-brønns panel) prøver pr. kjøring
 

Begge systemene kan supplementeres av en ekstraksjonsmaskin (kompatible instrumenter: Stratec - Invigenius, BioMerieux, NucliSENS easyMAG, PerkinElmer Chemagic Prepito-D, Qiagen EZ1 Advanced, Qiagen QIAamp, Qiagen QIAsymphony, Roche High Pure series, Roche MagNA Pure series).

Les mer om instrumentene

Teknologien

Multipleks Tandem PCR

Teknologien til AusDiagnostics er basert på multipleks tandem PCR (MT-PCR) og muliggjør deteksjon av flere target i en prøve uten at det går utover analytisk sensitivitet og spesifisitet.

MT-PCR er en to-trinnsprosess:
I det første trinnet foregår en amplifisering av alle amplikon i en multipleksbasert PCR. Kun 15-18 sykluser kjøres i dette trinnet. Siden det er svært lite dNTP som brukes i denne prosessen, er hver PCR-reaksjon uavhengig av hverandre - og dermed bevarer man den relative kvantiteten mellom patogenene.

PCR-produktet fra trinn 1 fortynnes automatisk og fordeles i et antall real-time PCR reaksjoner. En brønn for hvert mål-gen. Trinn 2 reaksjonene bruker primere som er «nested» i trinn 1-primere. Derfor kan man være sikker på at de uspesifikke produktene fra trinn 1 ikke amplifiseres i trinn2.

MT-PCR kan amplifisere store mengder prøver på en og samme tid og samtidig bevare det relative forholdet mellom patogenene.
 

Teknologien

Trinn 1: Revers transkripsjon og pre-amplifikasjon

Amplikasjon skjer i ett rør med mange primere i multipleks
• Trenger lite prøvemateriale
• Alle targets i en reaksjon
• Opp til 100 targets

Få PCR sykluser
• Ingen konkurranse mellom primere gir et kvantitativt resultat

PCR-oppsett fremmer amplifisering av enkeltmolekyl.
 

Trinn 2: Realtime PCR

Anriket prøve fra trinn 1 fordeles i individuelle brønner og amplifiseres med real time PCR
• Ingen konkurranse

Trinn 2 primere er nested i trinn 1 primere
• Høy spesifisitet

Lave reaksjonsvolum
• Mulig på grunn av preamplifisering i trinn 1
• Muliggjør høy throughput i 384 plate

Software og dataanalyse

Software
 

MT-PCR Assay Setup Software
• Enkelt å sette opp en kjøring
• Minimal hands-on time: mindre enn 2 minutter
• Tast inn operatørnavn og velg product fra «pull down» menyen
• Taste inn prøve-ID med en barkodeleser, LIMS eller taste inn manuelt og klikk start
• Software sjekkliste forsikrer brukeren om at alle komponenter til roboten er på plass og at riktige lot nummer til de ulike komponentene er i bruk

MT-PCR Analysis Software
• Prøvesvar og rapport på under 3 minutter
• Veksle mellom sample view eller gene view for å finne ut hvilke target som er til stede i prøvene
• Eksporter resultater som *.csv file, eller XML (for LIMS systemer)
​​​​

Dataanalyse

• Automatiske svar
• LIMS output
• Genotyping

Kontaktperson: Gitika Emberland

Gitika har en bachelor i kjemi og en mastergrad i molekylærbiologi. Hun har god dialog med akkrediterte laboratorier i Norge, både på sykehus og innen mat & miljø. Spør henne gjerne om produkter til molekylærdiagnostikk, enten det CE-IVD kit eller reagenser til in-house analyser.

gitika@bionordika.no

Kontaktperson: Gitika Emberland