DNA/RNA størrelseseleksjon: Pippin

DNA/RNA størrelseseleksjon: Pippin

Pippin-familien letter bibliotekskonstruksjon for de mest populære NGS-plattformene, og anbefales av Illumina og Ion Torrent for bestemte arbeidsflyt. Plattformen har muligheten til å samle smale og til og med fragmentfordelinger, samt at den har fleksibilitet til å samle forskjellige mengder fragmenter med minimal innsats. Målstørrelser eller størrelserekkevidde legges inn i programvaren, og fraksjoner samles i buffer uten mulighet for krysskontaminering.

Pippins engangs-gelkassetter er ferdiglaget med agarose. Bestemmelse av DNA-størrelse gjøres ved deteksjon av markører i en dedikert bane eller internt i prøvebanen, og dette benyttes til å samle de ønskede fragmentene basert på de verdier som bruker har lagt inn. Hver prøvebane er fysisk adskilt for å eliminere muligheten for kryssforurensning av prøven og har en forgrenet konfigurasjon med tre elektroder. DNA separerer langs en gelkolonne til det programmerte fragmentområdet når avgreningspunktet. Instrumentet bytter da den aktive elektroden for å divertere DNA inn i et membranbundet bufferkammer. Når størrelsesområdet er samlet, slås den aktive elektroden tilbake til separasjonskanalen. Den ønskede prøven fjernes med en standard pipette.

Bestemmelse av DNA størrelse er tilgjengelig med Pippin Prep (for fragmenter fra 90 bp til 1,5 Kb) og med BluePippin (en pulserende versjon for fragmenter fra 50 bp til 50 Kb). High Throughout er også tilgjengelig - PippinHT